Covid-19. Symptômes, dangerosité… Ce que l’on sait des sous-variants BA.4 et BA.5

Deux lettres et un chiffre qui inquiètent. Le sous-variant BA.5, issu de mutations du variant Omicron, est pointé du doigt par les autorités sanitaires dans la reprise de l'épidémie de Covid-19 en France. Selon un bulletin de Santé publique France daté du 23 juin, la détection de ce sous-variant est en "forte hausse" : il représentait 41% des contaminations mi-juin, contre 23% la semaine précédente. Le prochain bulletin, attendu jeudi 30 juin, pourrait même confirmer que BA.5 est devenu majoritaire dans le pays.

Alors que la France est de nouveau confrontée à des indicateurs épidémiques en hausse et des contaminations qui explosent – près de 80 000 nouveaux cas quotidiens en moyenne lors des sept derniers jours – franceinfo fait le point sur les spécificités du sous-variant BA.5.

Un sous-variant d'abord identifié en Afrique du Sud

Comme le variant Omicron, détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021, les sous-variants BA.4 puis BA.5 ont été signalés par des chercheurs sud-africains début mai. Mais attention : cela ne signifie pas que c'est dans cette région que ces sous-variants sont apparus. L'Afrique du Sud est en fait l'une des rares nations à effectuer systématiquement le séquençage génétique du virus, "ce que d'autres pays ont cessé de faire", soulignait début mai Tedros Adhanom Ghebreyesus, le patron de l'Organisation mondiale de la santé (OMS).

Jusqu'au début de l'année 2022, le sous-variant BA.2 d'Omicron comptait pour la majorité des cas détectés à travers le monde (et 99% des cas enregistrés en France fin avril). Mais les dernières mutations ont progressivement pris le pas, et sont par exemple responsables, selon l'OMS, de la cinquième vague épidémique que l'Afrique du Sud a connue à partir de la fin du mois d'avril. 

Un sous-variant encore plus contagieux

Si BA.5 inquiète autant la communauté internationale, c'est qu'il affiche des taux de contagiosité plus élevés que ses prédecesseurs. La faute à deux mutations qui affectent sa protéine Spike, celle qui permet au virus d'entrer dans nos cellules. La mutation L452R augmente sa transmissibilité, l'amenant à être environ 20% plus contagieux que le sous-variant BA.2. Ce qui expliquerait la nette expansion de BA.5, relevée par Santé publique France dans sa dernière note. L'autre mutation, appelée F486, "est associée à une réduction de la neutralisation des anticorps", expliquait mi-mai l'épidémiologiste Antoine Flahault auprès de La Dépêche. Comme le souligne le spécialiste, c'est cette mutation qui peut rendre les vaccins actuels moins efficaces contre les sous-variants BA.4 et BA.5. 

"Il semble que ces variants se diffusent plus rapidement (...) car ils échappent davantage à l'immunité acquise par la vaccination comme par l'infection, a confirmé à franceinfo Samuel Alizon, épidémiologiste et directeur de recherche au CNRS. Un phénomène qui se conjugue avec une autre variable, déjà bien connue : l'immunité offerte par les vaccins diminue naturellement avec le temps, ce qui nous rend plus vulnérable face au virus, ainsi qu'aux formes graves de la maladie. 

Les symptômes causés par BA.5 durent plus longtemps

A en juger par le cas sud-africain, la dangerosité de BA.5 serait comparable aux autres sous-variants d'Omicron. Une faible augmentation des hospitalisations a été remarquée, avec un taux de létalité légèrement inférieur, comme l'a noté l'équipe du docteur Wasiila Jassat, dans une étude citée par la revue scientifique Nature (en anglais). Il faut toutefois rappeler que le taux de létalité dépend d'autres facteurs extérieurs, indépendants de la forme du virus, comme la couverture vaccinale d'une population et l'état du système hospitalier d'un pays.

La grande différence de ce sous-variant tient dans la durée des symptômes, qui peuvent mettre jusqu'à dix jours pour disparaître, contre quatre jours pour le sous-variant BA.1 d'Omicron, comme l'a fait remarquer le médecin et journaliste de France Télévisions Damien Mascret. En plus des symptômes désormais bien connus du Covid-19, comme la fièvre, la toux, les maux de gorge et une fatigue inhabituelle, les malades infectés par le sous-variant BA.5 peuvent avoir le nez qui coule, mais aussi souffrir de nausées et de vomissements. 

Des vaccins spécifiques sont en préparation

Pour rendre les vaccins actuels plus efficaces face aux nouveaux variants, les laboratoires sont sur le pied de guerre pour développer des produit plus adaptés au variant Omicron. C'est le cas de Pfizer et de BioNTech, qui se sont récemment félicités (en anglais) de leur dernier candidat-vaccin. Une mouture qui permet, selon ses concepteurs, "une augmentation de 13,5 et 19,6 fois" de son efficacité contre le sous-variant BA-1 d'Omicron, 

dès lors qu'elle est utilisée en quatrième dose. Les études montrent également que cette amélioration est valable pour les souches BA.4 et BA.5, mais dans une moindre mesure. "Nous allons continuer à collecter des données [sur ces sous-variants] dans les prochaines semaines", ont précisé les deux entreprises.

En France, la montée en puissance du sous-variant BA.5 presse en tout cas les autorités sanitaires. Alors que le gouvernement recommande, sans l'imposer, le port du masque dans les lieux clos et de "promiscuité", le ministère de la Santé mise surtout sur la campagne de deuxième rappel vaccinal. Cette dernière est ouverte depuis le 7 avril dernier aux personnes âgées de 60 ans et plus, avec ou sans commorbidités, ainsi qu'aux personnes sévèrement immunodéprimées. Mais de l'avis de Santé publique France, cette campagne "reste notablement insuffisante" et n'empêche donc pas le nombre d'hospitalisations de grimper, comme c'est le cas depuis plusieurs semaines.

Franceinfo